すみません、途中から参加させていただいた者です。
一つはっきりさせたくてコメントさせていただきます。ずばり、旧劇や漫画、新劇などは全て繋がっているのかいないのかです。
私はループやパラレルワールド、過去改変などとは思っていません。漫画、旧劇、新劇はそれぞれ独立した世界線で、通常、絶対に干渉することが出来ないような状態にあるのだと考えてます。では、なぜゲンドウやシンジがそれらを知っていたのか。私は知っていたのではなく、マイナス宇宙に突入したことで、知ることが出来たのだと思います。新劇のシンジ達にとって、旧劇や漫画の新世紀エヴァンゲリオンは、現実であり虚構でもある。つまりエヴァンゲリオンイマジナリーなわけです。そして、どのように知覚したのかは、私達視聴者がエヴァを見るのと同じように知覚したのではないかと思います。これが、最後のレイと会話するシーンに繋がります。撮影スタジオ内で、会話するシンジとレイの後ろに映し出される各話のタイトルや劇場版のタイトルといったメタ的な表現です。
そして、カヲルくんについても、記憶を持っていたのではなく、情報として知っていたのではないかと考えています。円環の理のなかで、(知覚出来ない)別の世界線で生まれるカヲルくんに唯一伝えることが出来る術、それが生命の書です。カヲルくんは、生命の書に名を書き足していったと言っていました。これは、ワンス・アポン・ア・タイムの副題の元ネタとなっているSF本「未来からのホットライン」をオマージュしているのかなって思いました。このSF本の物語は、少しだけ前の時間に、数文字のメッセージを送ることが出来るのですが、送った結果、今ある世界は消え去り、メッセージを受け取った場合の世界に再構築されるというものです。情報を一方的にメッセージとして伝えるところなどが似ているように感じました。
結論として、旧劇、漫画、新劇などのエヴァンゲリオンは一つにまとめて考えるより、別々の話であると踏まえた上で考えた方がいいのかなって思いました。長文失礼しました。どなたか最後まで読んでいただけた方がいましたらめっちゃ感激です。容赦ないツッコミお待ちしてます…m(_ _)m
追記)先ほどシンエヴァ見直してきました。ゲンドウについて修正です。恐らくゲンドウはマイナス宇宙に入る前から旧劇や漫画のエヴァの存在を知っていたようです。それらはネブカドネザルの鍵を使用して「この世の理を超えた情報を得た」とのことです。セリフが少し異なると思いますが、ニュアンス的には合っているかと思います。

そういえば、「まきなみ」って綾波型護衛艦の一つだった。
マリも綾波と同系列の方法で作られたクローンだとすると、エヴァに乗ってないのに呪縛を受けて成長していないのも納得できる。
（もしくは既にクローンだから、成長しない）
マリはユイにガチ恋。いつか会えるのでは無いかと、願って生きてきた。
その為、途中まではドイツネルフで、使徒に乗って融合し知恵の実と生命の実を合わせる事によって神に等しくなりインパクトを起こしユイに会うという願いの為に動いてきた。（だから、エントリープラグが刺さっていた。）
しかし、ある時エヴァの中にいるユイにはエヴァに乗ればユイに会えるのでは、と思うようになる。
だから、「やっと乗せてくれたから、良い」との発言。
この発言は、マリがまだエヴァの呪縛に囚われて居なかった事も暗示している。
しかし、まだインパクトによるユイとの再会の可能性を捨てていなかったマリは2号機を駆り、アスカと勘違いして助けに来てくれた初号機をトリガーにするつもりだった。

しかし、シンジは助けに来ず。代わりに0号機が来てしまった。

その後シンジが、綾波を助けに行った後の台詞
「なるほど、都合のいい奴め。やっぱ匂いが違うからかなぁ。」
都合のいいやつは、そのままの意味、
匂いは、シンジではなく綾波に向けられた言葉。
自分は、全くの無関係者だけど、綾波はユイのクローン。つまり、ユイの匂いがするからシンジも助けに行った。

そして、インパクトによる再会を諦めたマリはインパクトを起こす意味も無くなり、ヴィレについた。
だから、冬月のセリフ。
「イスカリオテのマリア」＝裏切り者

という考察をしてみたり

物語の都合上で惣流から式波に変更しただけのような気もしますね。ゲンドウとユイも変えないと主人公のシンジの苗字も変わってしまってあまり宜しくないからなのかなぁと思いました。